自由貿易港區管理課掌理事項如下：
一、本港自由貿易港區規劃、申設及營運事項。
二、相關法規研定及建議事項。
三、自由貿易港區營運績效統計及分析事項。
四、專用車隊標誌之核發及管理事項。
五、加油用船標誌之核發及管理事項。
六、自由貿易港區事業專責人員訓練及發證事項。
七、從事物流之港區事業委外加工案件審查及核轉事項。
八、自由貿易港區事業貨物通（報）關、按月彙報及進出自由貿易港區門哨協調處理事項。
九、自由貿易港區事業優惠費用之數量及證明文件審查事項。
十、自由貿易港區事業雇用外勞及原住民協調管理事項。
十一、其他交辦事項。