倉儲裝卸課掌理事項如下：
一、倉棧運用及規劃事項。
二、本處經管貨棧登記證之申請、變更、撤銷及換照事項。
三、本處經管倉棧設施維修執行及遭受損壞案件處理事項。
四、有關本處防颱事項。
五、審核及查察航商貨主申請貨物滯留事項。
六、地磅業務查察及管理事項。
七、散裝貨物調整區之督導管理事項。
八、各棧埠作業機構作業秩序查察及督導事項。
九、各棧埠現場作業爭議調處事項。
十、各棧埠現場作業裝卸效率管理事項。
十一、裝卸作業違規事件處理事項。
十二、碼頭事業廢棄物清理之督導與協調事項。
十三、港埠倉儲裝卸作業技術之研究與建議事項。
十四、其他交辦事項。