各航務中心掌理事項如下：
一、航業設立、變更及註銷登記；固定航線登記及費率備查；船舶進出港簽證、金門馬祖澎湖及大陸地區通航（非固定航線）；違反航業法規處分等監理業務之執行。
二、船員服務手冊、適任證書之核（換、補）發作業；遊艇與動力小船駕駛測驗及執照之核（換、補）發作業；違反船員法規處分等業務之執行。
三、船舶（含小船）證書、執照及相關船舶文書之核（換、補）發；船舶登記、註冊、檢查、丈量、載重線或吃水尺度之勘劃；船舶救生及滅火演習之督導；水運動員計畫之擬訂及相關事項之執行；違反船舶法規處分之執行。
四、船舶海事案件調查處理之執行；轄區海域海難事件之協調、聯繫及處置。
五、引水業務、引水人之管理及打撈計畫之審核。
六、港區許可業之監理；商港公有公共基礎設施維護管理之督導。
七、港區安全及港口設施保全之查核；海難通報及港區災害之防救；汙染防治業務之督導；違反港務法規處分之執行。
八、商港自由貿易港區內事業申辦事項之受理。
九、航路標識管理及維護之協助執行；違反航路標識條例及航行安全相關法規處分之執行。
十、其他有關各航務中心事項。