船員組掌理事項如下：
一、船員發展、培訓計畫之研議與相關國際公約施行之研擬及資料蒐集。
二、船員相關法規之訂修及解釋之擬議。
三、船員規劃及研考業務之處理；船員訓練設備購置補充之審議。
四、船員與其訓練機構、動力小船駕駛、遊艇駕駛及其訓練機構之管理。
五、船員各項訓練、適任性評估、航海人員測驗及發證之管理。
六、水運動員之船員管理。
七、船員證件、最低安全配額、船員勞動條件及檢查之管理。
八、動力小船與遊艇駕駛執照測驗及發證之督導。
九、船員僱用申請之管理及核議。
十、其他有關船員、動力小船及遊艇駕駛事項。