船舶組掌理事項如下：
一、船舶發展計畫、相關法規訂修及解釋之擬議；船舶國際公約之認可及施行之擬議審核。
二、船舶之建（購）造、改造、修理、抵押、出售及拆解之核議。
三、港口國管制、船舶（含小船）之檢查、丈量、載重線或吃水尺度勘劃事項之業務督導。
四、船舶登記及小船註冊業務之督導。
五、船舶安全管理與查核、保全事項及保全等級之發布。
六、驗船機構之監督及管理；驗船師執業證書之核（換、補）發。
七、船舶技術人員訓練、船舶技術規範、檢查技術標準之研訂及核議；船舶因應氣候變遷調適有關事宜之研議。
八、非中華民國國籍船舶申請進入非國際港灣口岸之特許。
九、水運動員計畫之擬訂及動員事宜之協助。
十、其他有關船舶事項。