運務課掌理事項如下：
一、新建或改建站場行車運管設施之規劃與設計審查及配合辦理。
二、配合臺灣鐵路管理局相關規定，統籌辦理於鐵路沿線施工所需之路線
封鎖或斷電、慢行或開行工程列車及保安條件變更。
三、與鐵路施工相關道路設施安全及交通維持計畫之審議。
四、鐵路平交道廢止、改道或新設施工專用平交道之查驗。
五、鐵路沿線施工安全之訓練。
六、臨時軌與臨時站之切換及竣工之聯合檢查。
七、永久設施設備之切換與移轉及鐵路從業人員之訓練。
八、鐵路場站安全逃生、防災計畫與安全設施設備之設計及審查。
九、其他有關運務事項。