保護重建組職掌如下：
一、關於身心障礙兒童指紋資料建立之協調、督導事項。
二、關於身心障礙兒童重建之規劃、執行、督導事項。
三、關於特殊兒童輔導之規劃、督導事項。
四、關於兒童犯罪預防之計劃及輔導教育之規劃、執行、督導事項。
五、關於兒童保護事件通報、處理之規劃、執行、督導事項。
六、關於強制性親職教育輔導之規劃、督導事項。
七、關於發展遲緩兒童早期通報、早期療育及其他特殊照顧之規劃、督導
事項。
八、關於兒童緊急庇護所、智能障礙兒童教養院、傷殘兒童重建院、相關
兒童福利機構之策劃、獎助、評鑑及推動事項。
九、其他兒童保護重建相關事項。