人事室職掌如左：
一、人事管理：
（一）關於本署組織編制、職位歸級及管理之擬辦事項。
（二）關於職員任免、遷調、銓敘、俸級、獎懲、考績、退休、資遣、撫卹之核辦事項。
（三）關於職員差假、勤惰之管理及工作、品德之考核事項。
（四）關於職員待遇、補助費、福利、互助及保險之核辦事項。
（五）關於職員訓練、進修、考察、人才儲備、人才調查及人力規劃之擬辦及審核事項。
（六）關於控案之調查處理及職員與眷屬出入境之核辦事項。
（七）關於人事資料之管理、登記、查報、統計分析及表報之編報事項。
（八）關於人事規章之擬訂及人事革新之建議事項。
（九）其他有關人事管理事項。
二、人事查核：
（一）關於保防業務工作計畫之擬訂，保防人事人員之管理事項。
（二）關於維護公務機密之推行及洩密案件之調查處理事項。
（三）關於員工忠誠調查及員工與眷屬出入境之查核事項。
（四）關於政風調查資料蒐集處理事項。
（五）關於維護公務機密之講習宣導事項。
（六）其他有關保防及安全事項。