本部或本部委託之學術團體或專業評鑑機構，應依下列原則及程序，辦理本評鑑：
一、組成評鑑小組，統籌整體評鑑事項。
二、各類評鑑應訂定評鑑實施計畫，除專案評鑑外，並於辦理評鑑六個月前公告。
三、前款評鑑實施計畫，應包括評鑑項目、指標、基準、程序、結果、申復、申訴及其他相關事項，並經評鑑小組通過及本部核定後，由本部或本部委託之學術團體或專業評鑑機構公告。
四、針對評鑑計畫之實施，辦理說明會。
五、評鑑結束後，應於三個月內完成評鑑報告初稿，並送達各受評鑑學校。
六、對評鑑報告初稿不服之受評鑑學校，於初稿送達後十四日內，得向評鑑小組提出申復；申復有理由時，評鑑小組應修正評鑑報告初稿，完成評鑑報告書或評鑑結果；申復無理由時，維持評鑑報告初稿，並完成評鑑報告書及評鑑結果。
七、本部或本部委託之學術團體或專業評鑑機構，應公布評鑑結果，並將評鑑報告書送達受評鑑之學校。
八、對評鑑結果不服之受評鑑學校，於結果公布後十四日內，得向評鑑小組提出申訴；申訴有理由者，本部或本部委託之學術團體或專業評鑑機構應修正評鑑結果，並公告。
九、評鑑小組對受評鑑學校所提之申復、申訴，應訂定公正客觀之處理程序。
十、依評鑑性質及目的，訂定評鑑結果之處理方式，並訂定追蹤評鑑機制，定期辦理追蹤評鑑。
十一、評鑑小組委員之迴避，應依行政程序法相關規定辦理。
十二、評鑑小組委員及參與評鑑相關人員對評鑑工作所獲取之各項資訊，應負保密義務，不得公開。