保防安全處掌理事項如下：
一、國軍保防安全工作政策、法令之擬訂與保防人員培育、保防教育、人員安全調查、機密維護（不含國防部公務機密維護）、安全狀況掌握、安全防護、諮詢部署、特種勤務危安目標情報作業等事項之規劃、執行及督導。
二、國軍洩（違）密案件之情報蒐集、調查、處理及機密資訊鑑定。
三、蒐集、研析、處理及運用足以影響國家安全或利益之資訊。
四、全國保防工作會報分工事項之規劃、督導及與各保防體系之協調。
五、國家情報協調會報分工事項之協調及執行。
六、防諜情報蒐集與敵（間）諜案件之調查及處理。
七、作戰區反情報工作之規劃、督導及與情報機關之協調。
八、國軍反情報預算之編列及執行。
九、督導國軍密碼保密與本局所屬保防安全機構及部隊相關業務。
十、其他有關保防安全事項。