主計室掌理事項如下：
一、本部年度概算、預算、決算之編審、執行及考核。
二、本部各項經費原始憑證之審核及預算支用之簽證；會計簿籍之登載及會計報告之編報。
三、本部財務上增進效能與減少不經濟支出之研究及建議。
四、本部會計制度與內部審核規劃、管控及執行；公務歲計及會計事務之執行。
五、國軍生產及服務作業基金（本部服務事業）會計事務之審查及核轉。
六、本部採購案件之監辦。
七、本部補（捐）助及委辦經費之查核。
八、本部現金、票據、證券之出納保管、移轉會計事務之執行。
九、本部不動產物品與其他財產之增減、保管及移轉會計事務之執行。
十、其他有關本部歲計、會計及統計事項。