醫務管理處掌理事項如下：
一、國軍軍醫軍官、士官經歷管理政策之擬訂及督導。
二、本局與所屬機構人員人事業務之督導及執行。
三、本局對國防部各種會議指（裁）示事項之回報及管制業務。
四、本局與所屬機構文書、檔案、法令之研擬及督導。
五、本局與所屬機構一般進修教育之審議及督導。
六、本局與所屬機構史政、財產、後勤、通信、勞安、職務官舍之督導及執行。
七、本局與所屬機構政戰、監察業務之督導及執行。
八、本局與所屬機構五年施政工作計畫之擬訂及督導。
九、立法院、監察院與本局有關之質詢、函查案件之分辦、管制及處理。
十、其他有關醫務管理事項。