藥政管理處掌理事項如下：
一、國軍平、戰時衛材補給、軍醫裝備整備（含協助災害防救）、保修政策之規劃、核議及督導。
二、國軍藥品、衛材、軍醫裝備與保修之管理、籌補作業規劃及督導。
三、國軍藥品、衛材、軍醫裝備戰備之規劃、核議及督導。
四、國軍衛材補給、軍醫裝備管理、保修作業各項手冊之研擬。
五、國軍年度藥品、衛材、保修施政計畫之擬訂、督導及執行。
六、國軍醫療被服籌補購案之核議及督導。
七、國軍藥品、衛材補給、軍醫裝備管理資訊化之系統管理與維護作業政策之規劃及督導。
八、國軍藥事作業之規劃及督導。
九、軍醫裝備汰除及廢舊不適用物資處理作業之督導。
十、國軍防疫物資籌補與庫儲管制之規劃及督導。
十一、其他有關藥政管理事項。