衛勤保健處掌理事項如下：
一、國軍衛生勤務與醫療保健政策之規劃、核議及督導。
二、國軍各項體檢與選兵醫學業務之規劃、審議及督導。
三、軍醫人員專業教育、進修、講習與參訪之規劃、核議及督導。
四、國軍軍陣醫學政策、醫學研究、醫療科技之規劃、核議及督導。
五、國軍預防保健全般業務之規劃、核議及督導。
六、國軍醫療服務、陳情與糾紛之協處及督導。
七、國軍醫院業務輔導、評鑑作業、績優基層軍醫組織、優良醫護人員選拔、表揚之規劃及執行。
八、國軍衛生勤務教育訓練、衛生部隊運用、衛勤戰備整備規劃、核議及督導。
九、國軍醫療、衛勤支援、大量傷患應變處置與傷患調節作業（含協助災害防救）之規劃、督導及協調。
十、國軍衛勤準則、後備部隊衛勤整備作業之研擬及督導。
十一、其他有關衛勤保健事項。