本部或由本部委託之學術團體或專業評鑑機構，應依下列原則及程序辦理大學評鑑工作：
一、組成評鑑委員會，統籌整體評鑑事宜。
二、各類評鑑應於評鑑辦理一年前通知受評鑑大學。但學門評鑑及專案評鑑，不在此限。
三、各類評鑑應編訂評鑑實施計畫，除專案評鑑外，應於辦理評鑑六個月前公告。
四、前款評鑑實施計畫內容應包括評鑑項目、基準（指標）、程序、結果、申復、申訴與評鑑委員資格、講習、倫理、迴避及其他相關事項，經評鑑委員會通過及本部核定後，由本部或本部委託之學術團體或專業評鑑機構公告之。
五、辦理評鑑說明會，針對評鑑計畫之實施，向受評鑑大學詳細說明。
六、籌組評鑑小組，接受評鑑委員會之督導，執行評鑑事務。
七、於當年度該次所有大學評鑑結束後四個月內完成評鑑報告初稿，送受評鑑大學。
八、對評鑑報告初稿不服之受評鑑大學，應於收到報告初稿二星期內，向本部或本部委託之學術團體或專業評鑑機構提出申復；申復有理由時，本部或本部委託之學術團體或專業評鑑機構應修正評鑑報告初稿；申復無理由時，維持評鑑報告初稿，並完成評鑑報告書及評鑑結果。
九、本部或本部委託之學術團體或專業評鑑機構應公布評鑑結果，並將評鑑報告書送受評鑑大學。
十、對評鑑結果不服之受評鑑大學，應於結果公布一個月內，向本部或本部委託之學術團體或專業評鑑機構提出申訴；申訴有理由時，本部或本部委託之學術團體或專業評鑑機構應修正評鑑結果或重新辦理評鑑，最終之評鑑結果另行公告之。
十一、針對受評鑑大學之申復、申訴意見，應制定公正客觀之處理機制。
十二、依評鑑類別性質及目的之不同，訂定評鑑結果之處理方式，並訂定追蹤評鑑及再接受評鑑機制，定期辦理之。
十三、評鑑委員及參與評鑑相關人員自評鑑工作所獲取之各項資訊，應負保密義務，不得公開。