機車排氣檢驗站執行機車排氣檢驗業務應依下列規定辦理：
一、依電腦軟體及排氣分析儀使用手冊及依附錄二規定之標準作業程序操作。
二、執行排氣檢驗之地點，應於機車排氣檢驗站認可證記載地址為之，且應符合直轄市、縣（市）主管機關核准之營業面積及檢驗線。營業面積及檢驗線變更者，應於變更前報經直轄市、縣（市）主管機關核准。
三、檢驗時間至少為每星期一至星期五上午十一時至下午七時；因故無法於該期間內提供服務者，除國定假日或其他休息日外，應事前於機車排氣定期檢驗資訊管理系統登記暫停執行機車排氣檢驗業務。
四、移動式機車排氣檢驗站之檢驗地點及檢驗時間，應報經直轄市、縣（市）主管機關核准後執行。
五、設置與主管機關之監控站網路連線，並依主管機關之規定，定期傳輸檢驗資料至指定地點備查。
六、排氣檢驗及排氣分析儀保養校正應作成紀錄，並保存二年，以備查核。
七、機車排氣檢驗業務應於檢驗線執行，檢驗線之檢驗區，應標示明確。
八、營業場所環境應保持整潔，避免地面與檢驗設備髒污、檢修車輛與零件堆放紊亂、檢修作業衍生廢棄物髒亂、檢驗線堆放雜物或挪為他用之情事。
經主管機關查核機車排氣檢驗站排氣分析儀量測不準確或未經核准變更原認可事項致影響機車排氣檢驗業務執行者，直轄市、縣（市）主管機關應暫停其檢驗。機車排氣檢驗站應檢送下列文件報經直轄市、縣（市）主管機關核准後，始得恢復執行檢驗業務：
一、屬排氣分析儀量測不準確者：測試單位出具之檢測合格報告。
二、屬未經核准變更原認可事項者：經直轄市、縣（市）主管機關指定之改善證明文件。