檔案典藏組分設三科，掌理事項如下：
一、第一科
（一）關於檔案典藏環境及設施標準之規劃與推動事項。
（二）關於國家檔案典藏館舍與相關設施、典藏容具之規劃、執行與管理
維護事項。
（三）關於國家檔案典藏環境控制技術之研究與推動事項。
（四）關於機關檔案典藏環境與庫房設施之指導與諮詢事項。
（五）關於本組綜合業務及不屬其他各科業務事項。
二、第二科
（一）關於檔案整理及保管制度之規劃與推動事項。
（二）關於國家檔案整理、編排之規劃與執行事項。
（三）關於國家檔案描述、主題詞表及權威控制之規劃與執行事項。
（四）關於國家檔案上架、清查之執行事項。
（五）關於國家檔案典藏指引編輯事項。
（六）關於國家檔案再鑑定及解降密之執行事項。
（七）關於機關檔案保管之指導與諮詢事項。
三、第三科
（一）關於檔案保存修護及複製儲存制度與標準之規劃、推動事項。
（二）關於檔案保存修護及複製儲存技術之研究與推動事項。
（三）關於國家檔案保存修護及複製儲存之規劃與執行事項。
（四）關於機關檔案保存修護及複製儲存之指導與諮詢事項。