中央主管機關得就海洋生態系統有特別保護必要，且未經其他主管機關劃設為海洋保護區者，劃定為海洋庇護區。
中央主管機關為辦理前項業務，應設審議會，由專家學者、原住民、漁民團體、保育團體等民間團體及有關機關代表組成，其中不具官方身分之代表人數不得少於委員總人數二分之一，原住民及漁民團體之代表總人數，不得少於委員總人數三分之一。
審議會之決議，以委員過半數之出席，出席委員超過三分之二同意行之。
海洋庇護區之核心區劃定，致該區域之既有使用人遭受特別犧牲之損失者，應予補償。
第一項海洋庇護區之劃定基準、變更、廢止程序、第二項審議會之設置、組成、運作與前項補償之條件、基準及其他相關事項之辦法，由中央主管機關定之。