巡防及戰備科掌理事項如下：
一、海域與海岸巡防勤務、業務之執行及考核。
二、涉及東南沙防務與海域、海岸巡防任務演訓之督導、執行及考核。
三、防衛性武器、彈藥配賦運用之督導、執行、考核與其他巡防裝備之配置、管理、督導及考核。
四、長官視導、特種警衛勤務、人員與駐地安全防護、海域與海岸反恐怖活動之執行及考核。
五、東南沙登島相關事務之督導、執行及考核。
六、與各機關有關海域與海岸巡防任務之協調聯繫及執行。
七、海上災害救護、交通秩序管制與維護、海上船舶碰撞糾紛蒐證、處理之執行及考核。
八、海上災害救護所需水文、海洋資訊、船舶資訊與相關海上航行安全資訊整備、運用之執行及考核。
九、有關勤務指揮之執行及考核。
十、其他有關巡防及戰備事項。