主管機關之分工依附表一定之。必要時，中央主管機關得委辦直轄市、縣（市）主管機關。
二個以上應實施環境影響評估之開發行為，合併進行評估時，主管機關應合併審查。涉及不同主管機關或開發基地跨越二個直轄市、縣（市）以上之開發行為，由中央主管機關為之。
不屬附表一之開發行為類型或主管機關分工之認定有爭議時，由中央主管機關會商相關直轄市、縣（市）主管機關認定之。
前三項規定施行後，受理審查中之環境影響評估案件，管轄權有變更者，原管轄主管機關應將案件移送有管轄權之主管機關。但經開發單位及有管轄權主管機關之同意，亦得由原管轄主管機關繼續辦理至完成環境影響說明書審查或評估書認可後，後續監督及變更再移送有管轄權主管機關辦理。