本署設下列組、室、中心：
一、企劃組，分四科辦事。
二、感染管制及生物安全組，分三科辦事。
三、急性傳染病組，分四科辦事。
四、慢性傳染病組，分三科辦事。
五、新興傳染病整備組，分三科辦事。
六、檢疫組，分二科辦事。
七、疫情中心，分四科辦事。
八、檢驗及疫苗研製中心，分六科辦事。
九、秘書室，分二科辦事。
十、人事室，分二科辦事。
十一、政風室。
十二、主計室，分二科辦事。
十三、資訊室，分二科辦事。
十四、臺北區管制中心，分二科辦事。
十五、北區管制中心，分二科辦事。
十六、中區管制中心，分二科辦事。
十七、南區管制中心，分二科辦事。
十八、高屏區管制中心，分二科辦事。
十九、東區管制中心。