綜合規劃司掌理事項如下：
一、農業政策、法規與措施之規劃、研擬及協調。
二、年度施政方針、施政計畫、中長程個案計畫、農村與產業整體發展相關計畫之規劃、協調及監督，及各計畫資源之統籌運用。
三、農業經濟情勢與政策之研究及決策分析。
四、農業產業發展之經濟評估及決策分析。
五、業務報告之彙擬與重要議事之策劃及推動。
六、農業政策、重要方案、計畫及措施之評核、追蹤及管制。
七、災害防救業務之彙整及列管追蹤。
八、農業公共建設計畫之規劃、督導、考核及工程查核。
九、行政效能提升與便民服務業務之規劃、推動、督導及考核。
十、其他有關綜合規劃事項。