畜牧司掌理事項如下：
一、畜牧政策、法規與中長程計畫之規劃、研擬及管理。
二、畜牧產業結構調整、友善環境、新興科技研發與技術引進方案、人才培育及訓練之規劃、推動及輔導。
三、養豬產業產銷及所需種畜、資材、加工與污染防治相關方案之規劃、推動及監督。
四、草食及其他家畜產業產銷及所需種畜、資材、加工與污染防治相關方案之規劃、推動及監督。
五、肉雞及蛋雞產業產銷及所需種禽、資材、加工與污染防治相關方案之規劃、推動及監督。
六、水禽及其他家禽產業產銷及所需種禽、資材、加工與污染防治相關方案之規劃、推動及監督。
七、畜牧場登記、畜牧類天然災害查報、救助、防災、復養輔導與相關保險規範之規劃、推動及監督。
八、飼料與飼料添加物安全管理法令、政策之規劃、推動及監督。
九、飼料輸入邊境查驗與風險管控之規劃、協調及監督。
十、其他有關畜牧事項。