農民輔導司掌理事項如下：
一、農民輔導政策、法規之擬訂、策劃及督導。
二、農會選舉罷免、會務、人事、財務、考核等事務之擬訂、策劃及督導。
三、農業推廣人員與農民之培育、訓練、選拔及表揚。
四、食農教育、農業文化與農家生活改善之策劃及督導。
五、農民健康保險、農民職業災害保險之策劃、督導、監理、爭議審議及行政救濟。
六、農民退休儲金之策劃、督導及監理。
七、老年農民福利津貼及農漁民子女助學金之策劃及督導。
八、農業天然災害救助之策劃及督導。
九、農業人力政策之規劃及督導。
十、其他有關農民輔導事項。