非我國籍漁船進入正濱漁港或前鎮漁港前，應於基隆港或高雄港完成航政、關稅、衛生、移民、防疫、檢疫等檢查。
非我國籍漁船經許可進入前項漁港者，其停泊期間，依下列規定辦理：
一、依投資經營非我國籍漁船管理條例許可投資經營之非我國籍漁船，不得超過三十日。但代理人得於期限屆滿前，向主管機關申請展延，展延最長三十日，並以一次為限。
二、前款以外之非我國籍漁船，不得超過五日。但需延長時間卸魚者，代理人得於期限屆滿前，向主管機關申請展延，展延最長三日，並以一次為限。
進入我國漁港之非我國籍漁船載有大陸船員者，應配合海岸巡防機關及警察機關辦理安全檢查；經檢查無誤後，經營者暫置大陸船員，應準用臺灣地區漁船船主境外僱用及接駁暫置大陸地區漁船船員許可及管理辦法規定辦理。
大陸船員暫置期間所需相關費用，由經營者支付。
大陸船員需搭機離境者，應依大陸地區人民進入臺灣地區許可辦法規定，向內政部移民署申請入出境。