主計業務之獎懲程序如下：
一、前條第一款人員之獎懲由總處各單位主管擬具獎懲事由、種類及適用條款，檢同有關資料送由人事處審查，並提報總處考績委員會審議後，簽報主計長核定。
二、前條第二款主辦人員之獎懲，由總處主管處，依據有關資料及規定，擬具獎懲事由、種類及適用條款，送由人事處審查，並提報總處考績委員會審議後，簽報主計長核定。
三、前條第三款人員之獎懲，由各該主計機構（主辦人員由其上級主計機構）擬具獎懲事由、種類及適用條款，並檢附有關資料，層報該管一級主計機構考績委員會審議後，簽報一級主辦人員核定，並按月列冊（格式如附件）報請總處備查。