秘書室分設六科，各科掌理事項如下：
一、事務科
(一) 基本行政工作維持業務費之擬編分配及執行事項。
(二) 一般財物之購置、管理、供應、房屋修繕等事項。
(三) 公務車輛管理，無資位職工、工友管理、機電設備管理，有線通訊
器材設備管理及修護事項，集會管理、辦公處所管理與環境衛生及
安全防護管理事項。
(四) 辦公處所及站場房地租金分配調整、宿舍之管理及分配、租用房地
繳納金事項，本局及所屬單位有關房地產投保火險事項。
(五) 公路交通動員與公路民防業務事項及不屬於其他各組、室職犗事項
。
(六) 其他交辦事項。
二、出納科
(一) 關於各類經費、各項專款與有價證券之出納、保管及登記事項。
(二) 關於員工薪俸發放、所得稅扣繳事項。
(三) 其他交辦事項。
三、文檔科
(一) 文書作業事項之擬訂及執行事項。
(二) 檔案管理之規劃及執行事項。
(三) 其他交辦事項。
四、研考科
(一) 局務會報之議事事項。
(二) 施政計畫之彙編事項。
(三) 施政研究發展及管制考核事項。
(四) 文書流程管理事項。
(五) 其他交辦事項。
五、公關科
(一) 公路通訊編輯發行事項。
(二) 公共關係及新聞聯繫事項。
(三) 其他交辦事項。
六、法制科
(一) 法令疑義適用之會簽事項。
(二) 辦理或協助國家賠償相關行政事項。
(三) 法規整理及彙編事項。
(四) 有關法規會議之出席事項。
(五) 其他交辦事項。