會計室分設四科，各科掌理事項如下：
一、歲計科
(一) 年度預 (概) 算、追加 (減) 預算及預算分配之籌劃編製事項。
(二) 申請動支預備金編製事項。
(三) 歲入類會計業務有關事項。
(四) 所屬單位歲入類稽核有關事項。
(五) 會計人員任免、遷週、考核、獎懲之擬議辦理事項。
(六) 其他交辦事項。
二、會計科
(一) 會計簿籍之登記與會計憑證之裝訂及保管。
(二) 會計報告與決算彙核及編製事項。
(三) 預算執行績效檢討表之編製事項。
(四) 財產帳務管理及報表複核。
(五) 上級機關查帳之處理及協調事項。
(六) 其他交辦事項。
三、審核科
(一) 預算控制、執行及財務之稽核事項。
(二) 各項經費支出之審核事項。
(三) 各項採購之會核、監標及監驗事項。
(四) 付款憑單之編製及庫款帳單之核對事項。
(五) 經費流用及保留之申辦事項。
(六) 所屬單位會計業務之督導及稽核事項。
(七) 其他交辦事項。
四、統計科
(一) 公務統計方案之研擬與報表之增、修、刪、審核及編報事項。
(二) 調查統計計畫之擬訂、執行及研究分析等事項。
(三) 公路施政資料庫系統之維護等事項。
(四) 統計工作稽核及複查事項。
(五) 應用統計分析報告之編撰與重要統計資料之提供及發布事項。
(六) 統計書刊內容之籌劃、編印、分發、管理與公路統計資料圖、表之
設計及審查事項。
(七) 統計人員任免、遷調、考核、獎懲之擬議辦理事項。
(八) 其他交辦事項。