航空保安科掌理事項如下：
一、出、過境及航行境內航空器、旅客、機員、手提及託運行李、貨物、郵包檢查業（勤）務之規劃及督導。
二、航空餐點及運送人員、車輛進出管制區檢查業（勤）務之規劃及督導。
三、辦理民用機場、航空器遭受劫持與破壞事件之相關事項及機場其他緊急事件之協調處理。
四、執行安全檢查業（勤）務與各公務機關及航空相關事業權責劃分之協調處理事項及航空相關事業安管單位之聯繫協調。
五、安檢情報蒐集、處理；安檢設備規劃、申購、分配使用、維護、考核；安檢人員專業訓練規劃、執行、偵測、督導及考核。
六、關於民用航空站保安計畫之擬訂、審查、修正等事項與保安會之統籌、會議召集及相關作業之聯繫協調。
七、關於航空保安相關情資之提供、通報之發布與核備、強制執行之通知及航空安全情資威脅等級之建立與評定、保安措施之強化。
八、航空保安訓練、查核、保安控管人制度及危險物品空運相關業務。
九、關於空中安全人員之甄選、培訓及派遣。
十、其他有關航空保安及安檢相關業務事項。