內部審核處掌理下列事項：
一、國軍內部審核政策、制度及相關法令之訂 (修) 頒事項。
二、國軍內部審核作業程序之規劃、頒行及評核事項。
三、國軍年度內部審核工作計畫之規劃、策頒及執行事項。
四、國軍內部審核業務研究發展事項。
五、國軍各級單位執行內部審核情形實施督考、管制及復查等業務事項
。
六、策辦定期及不定期之財務審核、財物審核及工作審核事項。
七、編撰內部審核綜合報告，並提出具體興革建議事項。
八、對國軍各級單位經管現金實施無預警抽查之策劃及執行事項。
九、協助各單位發展自我稽核機制，發揮內部控制之功能事項。
十、公款支付時限管制規定訂 (修) 頒、執行督考及審核事項。
十一、辦理國軍各級單位財務效能性考核業務事項。
十二、審計部審核通知事項之彙辦、申復及管制事項。
十三、國軍重大財務缺失案例蒐整及宣導事項。
十四、國軍內部審核執行成效報告之彙編事項。
十五、國軍內部審核資料庫之建置、管理及維護事項。
十六、辦理臨時性專案查核及接受委託查核事項。
十七、其他有關內部審核事項。