申訴管轄機關如下：
一、不服權責機關所為前條第一項涉及軍人身分變更、公法上財產請求、獎懲或考績事項等復審事件以外之行政處分，以及檢束、禁足、罰勤、罰站、人事晉任或遷調之行政處分者，向權責機關提起申訴。但權責機關為總統者，向本會提起申訴。
二、不服權責機關所為前條第一項管理措施及第三項懲罰之執行方法、應遵守之程序或其他侵害利益之情事者，向權責機關提起申訴。但權責機關為編階中校、薦任或警正主官以下層級之單位者，向所隸屬編階上校、簡任或警監主官之單位提起申訴，未有此類編階單位者，向所隸屬編階少將首長或相當層級之機關（構）提起申訴。
申訴事件有本法
第十一條第一項及第二項所定迴避事由者，除權責機關為本會外，申訴管轄機關為前項權責機關之上一級機關。
申訴管轄機關有爭議時，由本會指定之。