課稅所得額及稅額計算之查核：
一、以往年度營業虧損之扣除：
（一）核對前五年核定虧損扣除餘額是否正確；查明本年度是否合於扣除規定。
（二）其有合併或分割情事者，應與相關文件核對，查明是否合於扣除規定；及本年度得扣除金額是否依規定正確計算。
二、免稅所得：
（一）其屬專營或兼營建屋出售者，應查明土地交易所得之計算，是否依規定分攤營業費用及利息支出。
（二）其屬以有價證券買賣為專業者，應查明證券交易所得之計算，是否依規定分攤營業費用及利息支出。
（三）其依法享受免徵所得稅獎勵者，應查明是否已取得核准證明等各項規定文件；核對帳簿、憑證、文件等資料，查明是否合於規定免稅要件；是否仍在免稅期間；免稅所得是否依規定正確計算，有關計算方法、公式、成本費用之分攤歸屬等計算過程並應詳予說明。
三、國外及大陸稅額之扣抵：
（一）查明是否取得規定之證明文件。
（二）查明是否依規定正確計算。
四、投資抵減稅額：
（一）核對期初尚未抵減餘額，查明有無超過規定抵減年度項目；核對結轉金額是否正確。
（二）依投資抵減項目別，逐項抽查本年度投資支出是否合於規定適用要件；是否取得核准證明等各項規定文件；各項支出之入帳基礎是否正確；是否取具合法憑證。
（三）查明本年度各項投資支出總額、抵減率、可抵減總額是否依規定正確計算；申報實際抵減稅額是否正確。