婦幼及生育保健組分設三科，各科掌理事項如下：
一、第一科（婦女健康營造科）：
（一）關於婦女健康政策事項。
（二）關於婦女權益促進事項。
（三）關於性侵害受害人驗傷、診療相關事宜。
（四）關於性侵害防治醫療院所教育訓練與績優表揚事項。
（五）關於罕見疾病事項。
（六）關於嬰幼兒保健事項。
二、第二科（生育保健科）：
（一）關於人工協助生殖、生育調節、人工流產及出生通報法令等事項。
（二）關於人工協助生殖事項。
（三）關於人工協助生殖技術機構事項。
（四）關於人工協助生殖資料搜集事項。
（五）關於生育調節、人工流產事項。
（六）關於出生、先天調節人工流產事項。
（七）關於出生及死產證明書格式事項。
（八）關於出生通報查核事項。
（九）關於先天缺陷兒登錄追蹤管理事項。
（十）關於母嬰親善醫院認證事項。
（十一）關於哺（集）乳室設置事項。
（十二）關於母乳哺育宣導事項。
（十三）關於人工協助生殖、生育調節、人工流產、出生通報及母乳哺育
資料彙整統計分析等事項。
（十四）關於人工協助生殖、生育調節、人工流產及母乳哺育教材製作及
管理事項。
（十五）關於人工協助生殖、生育調節、人工流產、出生通報及母乳哺育
調查研究事項。
三、第三科（生育遺傳服務科）：
（一）關於婚前健康檢查事項。
（二）關於產前遺傳診斷事項。
（三）關於新生兒代謝異常疾病篩檢事項。
（四）關於遺傳性疾病診斷服務事項。
（五）關於遺傳性疾病防治機構事項。
（六）關於孕產婦保健事項。