社區健康組分設三科，各科掌理事項如下：
一、第一科 (衛生所功能再造科) ：
(一) 關於衛生所保健醫療服務政策之訂定及執行督導事項。
(二) 關於衛生所建築重擴建及空間規劃事項。
(三) 關於衛生所保健醫療服務流程及工作指引等發展事項。
(四) 關於衛生所服務品質提升計畫之推動。
(五) 關於衛生所業務電腦化規劃及推動事項。
(六) 關於衛生保健人員之訓練事項。
(七) 關於衛生所組織規程及員額設置參考基準、獎勵金訂定事項。
二、第二科 (社區健康營造科) ：
(一) 關於社區健康營造政策之訂定事項。
(二) 關於社區健康營造相關資料蒐集、分析及研究發展事項。
(三) 關於社區健康營造資訊平台之建立及管理事項。
(四) 關於社區健康營造之宣導與推廣事項。
(五) 關於社區健康營造推動人才之培育。
(六) 關於輔導及評核地方推動社區健康營造工作事項。
三、第三科 (職業衛生保健及健康體能科) ：
(一) 關於職業衛生保健相關政策之訂定事項。
(二) 關於職場健康促進服務體系之建立及管理事項。
(三) 關於勞工體格及健康檢查指定醫療機構之品質管理事項。
(四) 關於職場健康促進規劃及推動事項。
(五) 關於健康體能業務規劃及推動事項。
(六) 關於職場健康促進健康體能規劃及宣導推動事項。
(七) 關於督導地方推動職場健康促進及健康體能工作事項。