檢疫分所業務職掌如左：
一、關於航空器、船舶、人員、物品檢疫事項。
二、關於染疫或有染疫嫌疑船舶、航空器、人員之隔離、留驗及消毒事項
。
三、關於港區工作人員、旅客之醫療急救事項。
四、關於船舶、航空器、貨櫃之蒸燻消毒事項。
五、關於船舶、航空器衛生管理事項。
六、關於船舶無線電檢疫事項。
七、關於進口水產品留驗、投藥等檢疫事項。
八、關於進口水產品檢疫申請案件審核、登記事項。
九、關於旅客航空器工作人員隨身攜帶入境水產品處理事項。
十、關於各種檢體採驗、整理、送驗及登記事項。
十一、關於染疫水產品處理及銷燬事項。
十二、關於國際預防接種簽證事項。
十三、關於各種疫苗之儲存、統計事項。
十四、關於進出口靈柩、屍體、骨灰查驗、簽證事項。
十五、關於港區蟲媒調查、管制及環境衛生管理事項。
十六、關於各項檢疫憑證簽發事項。
十七、關於各項檢疫資料整理、統計及表報製作報告事項。
十八、關於各項檢疫規費徵收事項。
十九、關於國內外疫情蒐集與報告事項。
二十、關於聯檢中心有關業務協調事項。
二十一、關於其他內部行政事務之處理及上級臨時交辦事項。