疫情組職掌如左：
一、關於國內疫情之調查、協調處理及研究事項。
二、關於支援地方衛生機關辦理傳染病防治事項。
三、關於防疫藥品及器材之儲備支援、供應使用規劃事項。
四、關於突發不明原因疫病之應變、調查及處理事項。
五、關於督導各疫病監視中心辦理有關傳染病偵測事項。
六、關於疫情報告系統之研究規劃、及建議事項。
七、關於國內疫情之蒐集、統計、分析、研判及報告事項。
八、關於國際疫情資料之蒐集、交換、調查及報告事項。
九、關於國際疫病流行之研究事項。
十、關於國內外疫情資訊之諮詢提供事項。
十一、關於疫情監視、處理人員之訓練事項。
十二、關於上級交辦事項。