秘書室職掌如左：
一、關於事務性工作計畫及工作報告之研議事項。
二、關於印信典守事項。
三、關於財產之購置、廳舍營繕及物品器材之採購事項。
四、關於財產文具物品之管理事項。
五、關於文書之收發、分辦、繕校、及檔案管理事項。
六、關於員工薪津之發放事項。
七、關於員工交通費、實物配給核發事項。
八、關於現金出納、登帳、填開支票事項。
九、關於公、勞保、福利互助、所得稅之扣繳事項。
十、關於技工、工友之管理事項。
十一、關於車輛調派管理事項。
十二、關於勞工保險之核辦事項。
十三、關於辦公廳舍環境衛生之維護事項。
十四、督導各分所、疫病監視中心有關事務性工作事項。
十五、其他交辦事項。