港區衛生管理組職掌如左：
一、關於港區、航空站、航空器、船舶、貨櫃、貨物、倉庫等滅鼠 滅蟲
及蒸燻消毒業務之規劃事項。
二、關於港區、航空站、航空器、船舶等飲水、倉品、器具之衛生管理規
劃事項。
三、關於港區、航空站病媒調查及管制事項。
四、關於檢疫之檢驗事項。
五、關於各檢疫分所港區衛生管理業務之規劃、推展、督導及管理事項。
六、關於蒸燻、病媒、檢驗人員之訓練事項。
七、關於蒸燻、衛生、檢驗業務藥品器材之籌劃事項。
八、關於蒸燻、衛生、檢驗業務資料之建立、編報、統計事項。
九、關於上級交辦事項。