第五組 (食品微生物組) 分設三科，各科掌理事項如左：
一、第一科 (細菌一科)
(一) 關於食品、食品添加物、食品用洗潔劑、食品器具、容器、包裝中
細菌、抗生素檢驗事項。
(二) 關於食品、食品添加物、食品用洗潔劑、食品器具、容器、包裝中
細菌、抗生素檢驗方法之研究、擬定事項。
(三) 關於食品、食品添加物、食品用洗潔劑、食品器具、容器、包裝中
微生物性衛生調查、研究事項。
(四) 其他交辦事項。
二、第二科 (細菌二科)
(一) 關於食品中毒案件之微生物檢驗事項。
(二) 關於食品中毒微生物檢驗方法之研究、擬定事項。
(三) 關於食品、食品添加物、食品用洗潔劑、食品器具、容器、包裝中
微生物性衛生調查、研究事項。
(四) 其他交辦事項。
三、第三科 (真菌科)
(一) 關於食品、食品添加物、食品用洗潔劑、食品器具、容器、包裝中
昆蟲、寄生蟲、真菌、真菌毒素之檢驗事項。
(二) 關於食品、食品添加物、食品用洗潔劑、食品器具、容器、包裝中
昆蟲、寄生蟲、真菌毒、真菌素檢驗方法之研究、擬定事項。
(三) 關於食品、食品添加物、食品用洗潔劑、食品器具、容器、包裝中
微生物性衛生調查、研究事項。
(四) 其他交辦事項。