秘書室分設三科，各科掌理下列事項：
一、事務科：
（一）本局營繕工程、財物、勞務之採購及管理。
（二）辦公廳舍及財產之管理。
（三）車輛、油脂之管理調配及電話、水電之保養維護。
（四）辦公廳舍安全與保全系統之監督及管理。
（五）技工、駕駛及工友之管理。
（六）款項、票據與有價證券之收支、登記、保管及移轉。
（七）收支款項報告之編製。
（八）薪津發放及規費收繳。
（九）各類所得資料彙整、申報稅款繳交及扣繳憑單填發事項。
（十）公款結匯及代扣款事項彙辦。
（十一）立法院與監察院等機關之聯絡及協調。
（十二）其他不屬於各組、室主管事項。
二、文書科：
（一）文書收發分配、繕校及檔案管理。
（二）印信典守事項。
（三）圖書雜誌與出版品之典藏及管理事項。
（四）公文電子傳送及交換事項。
（五）文書處理系統軟硬體設備維護事項。
（六）公文稽催及管制。
三、法制科：
（一）對於本局業務及管理事項法律意見之提供。
（二）對於其他機關洽會涉及法規案件意見之提供。
（三）法規資料之蒐集、分析及研議事項。
（四）本局動植物防疫檢疫與畜禽屠宰管理法規之釋疑、整理及編印。
（五）本局訴訟案件之協辦。
（六）有關動植物防疫檢疫及畜禽屠宰管理訴願案件答辯之協辦事項。
（七）其他有關法制事項。