植物檢疫組分設三科，各科掌理下列事項：
一、植物檢疫行政科：
（一）輸出入植物與其產品檢疫品目及檢疫條件之擬訂。
（二）國外植物疫病蟲害疫區之宣告及解除之擬訂。
（三）輸出入植物與其產品檢疫處理技術及認證業務之處理。
（四）植物檢疫疫情管制業務之策劃、分析、聯繫及督導。
（五）輸出入植物或植物產品檢疫違規、申訴案件及糾紛之處理。
（六）植物檢疫人員訓練及督導。
（七）其他有關植物檢疫行政事項。
二、植物檢疫技術科：
（一）植物檢疫政策、法規、方案、計畫之擬訂、策劃、執行及督導。
（二）特定植物與其產品輸入之審核、管理及督導。
（三）有害生物、土壤、附著土壤之植物及所使用之包裝、容器之輸入審核、管理及督導。
（四）輸出入植物檢疫與其處理設施之審核及督導。
（五）植物檢疫科技之研究、發展、引進及技術服務。
（六）植物檢疫技術、程序、方法之研議、執行及督導。
（七）植物檢疫相關國際合作、交流及國際事務之處理。
（八）其他有關植物檢疫技術事項。
三、農產品檢疫科：
（一）農產品檢疫政策、法規、方案、計畫之擬訂、策劃、執行及督導。
（二）木材檢疫政策、法規、方案、計畫之擬訂、策劃、執行及督導。
（三）輸出入農產品檢疫與其處理設施之審核及督導。
（四）農產品檢疫科技之研究、發展、引進及技術服務。
（五）農產品檢疫技術、程序、方法之研議、執行及督導。
（六）植物檢疫人員管理政策、法規、方案、計畫之擬訂、策劃、執行及督導。
（七）其他有關農產品檢疫事項。