會計室掌理下列事項：
一、本局歲入、歲出概（預）算之籌編、分配與控制。
二、會計報告與年度決算之編製。
三、原始憑證之查核、整理、保管及送審。
四、本局營繕工程、財物、勞務採購之招標、比價、議價與驗收之會同監辦及其經費開支之內部審核。
五、各項經常性費用之審核。
六、歲出應付款之審核、保留及分配預算之編製。
七、本局各項補助、委辦計畫經費之審核、撥款、保留及執行機關帳務之審核。
八、本局主管計畫經費處理相關規定之擬訂及輔導。
九、本局財物作業之監辦及查核。
十、動植物防疫檢疫、畜禽屠宰管理統計制度之規劃、研擬及改進。
十一、動植物防疫檢疫、畜禽屠宰管理統計資料之蒐集、整理、審核及分析。
十二、動植物防疫檢疫、畜禽屠宰管理統計報告之編製及統計資料檔案之建立、管理。
十三、本局所屬各分局主計事務之督導。
十四、本局暨所屬機關主計人員任免、遷調、考核、獎懲等案件之擬辦。
十五、其他有關會計、歲計、統計事項。