動物防疫組分設四科，各科掌理下列事項：
一、獸醫行政科：
（一）獸醫師管理政策、法規、方案、計畫之擬訂、策劃、執行及督導。
（二）獸醫師之登記、管理及訓練。
（三）獸醫師團體之輔導、交流、聯繫及監督。
（四）寵物與野生動物防疫政策、法規、方案、計畫之擬訂、策劃、執行及督導。
（五）寵物與野生動物防疫技術、程序、方法之研擬、執行及督導。
（六）寵物與野生動物防疫科技之研究、發展、引進及技術服務。
（七）獸醫有關科技應用之研究、發展、引進及技術服務。
（八）其他獸醫行政事項。
二、家畜防疫科：
（一）家畜防疫政策、法規、方案、計畫之擬訂、策劃、執行及督導。
（二）家畜防疫科技之研究、發展、引進及技術服務。
（三）家畜防疫技術、程序、方法之研議、執行及督導。
（四）家畜疫病疫情管制業務之策劃、分析、聯繫及督導。
（五）動物防疫相關國際合作、交流及國際事務之處理。
（六）化製場之管理及督導。
（七）其他有關家畜防疫事項。
三、家禽及水生動物防疫科：
（一）家禽與水生動物防疫政策、法規、方案、計畫之擬訂、策劃、執行及督導。
（二）家禽與水生動物防疫科技之研究、發展、引進及技術服務。
（三）家禽與水生動物防疫技術、程序、方法之研議、執行及督導。
（四）家禽與水生動物疫病疫情管制業務之策劃、分析、聯繫及督導。
（五）動物防疫資訊系統之擬訂、策劃、執行及督導。
（六）其他有關家禽及水生動物防疫事項。
四、藥品管理科：
（一）動物用藥品與動物衛生資材管理政策、法規、方案、計畫之擬訂、策劃、執行及督導。
（二）動物用藥品與動物衛生資材檢驗之策劃、執行及督導。
（三）動物用藥品科技之研究、發展、引進及技術服務。
（四）動物用藥品製造、輸出入、販賣、使用、品質檢驗、證照核發之審核、管理及督導。
（五）動物用藥品使用準則、試驗基準、品質規格與檢驗標準之擬訂、審議及督導。
（六）畜禽藥物殘留之監測與檢驗技術開發之研擬、策劃及督導。
（七）動物用藥品與動物衛生資材相關國際合作、交流及國際事務之處理。
（八）其他有關動物用藥品管理事項。