動物檢疫組分設三科，各科掌理下列事項：
一、動物檢疫行政科：
（一）輸出入動物與其產品檢疫品目及檢疫條件之擬訂。
（二）國外動物疫區之宣告及解除之擬訂。
（三）輸出入動物與其產品檢疫處理技術及認證業務之處理。
（四）動物檢疫疫情管制業務之策劃、分析、聯繫及督導。
（五）輸出入動物及動物產品檢疫違規、申訴案件及糾紛之處理。
（六）輸出入檢疫物檢疫證明書、標識、檢疫卡之制訂、查核、管理及督導。
（七）動物檢疫人員之訓練及督導。
（八）其他有關動物檢疫行政事項。
二、動物檢疫技術科：
（一）動物檢疫政策、法規、方案、計畫之擬訂、策劃、執行及督導。
（二）輸出入動物檢疫及其處理設施之審核及督導。
（三）動物檢疫科技之研究、發展、引進及技術服務。
（四）動物檢疫技術、程序、方法之研議、執行及督導。
（五）動物檢疫相關國際合作、交流及國際事務之處理。
（六）動物檢疫人員之管理政策、法規、方案、計畫之擬訂、策劃、執行及督導。
（七）其他有關動物檢疫技術事項。
三、動物產品檢疫科：
（一）輸出入肉品檢疫政策、法規、方案、計畫之擬訂、策劃、執行及督導。
（二）輸出入肉品檢疫技術、程序、方法之研議、執行及督導。
（三）動物產品檢疫政策、法規、方案、計畫之擬訂、策劃、執行及督導。
（四）輸出入動物產品檢疫及檢疫處理設施之審核及督導。
（五）輸出入肉品衛生檢查制度審查、查證及推薦業務。
（六）動物產品檢疫科技之研究、發展、引進及技術服務。
（七）動物產品檢疫技術、程序、方法之研議、執行及督導。
（八）其他有關動物產品檢疫事項。