企劃組分設三科，各科掌理下列事項：
一、綜合企劃科：
（一）動植物防疫檢疫業務發展政策與計畫研擬、協調及督導。
（二）年度施政方針與施政計畫之研擬、策劃及督導。
（三）施政報告與簡介之彙編及協調。
（四）上級機關指示、重大計畫、專案計畫及交辦事項之列管追蹤。
（五）有關兩岸地區動植物防疫檢疫事務之統籌、協調及督導。
（六）動植物檢疫隔離設施之設置及督導。
（七）年報與動植物防疫檢疫季刊之彙編及協調。
（八）業務輿情資料之蒐集、分析、發布及媒體之聯絡。
（九）其他有關綜合企劃事項。
二、計畫及資訊管理科：
（一）動植物防疫檢疫科技計畫研提管理之統籌、協調、執行及監督。
（二）動植物防疫檢疫科技研發成果推廣管理之統籌、協調、執行及監督。
（三）局務會議之記錄與決議事項之彙整、協調及列管追蹤。
（四）公共安全、災害防救方案之統籌及協調。
（五）人民陳情事宜及為民服務考核業務之辦理。
（六）業務電腦系統化與資訊系統建置之協調、推動及監督。
（七）資訊安全、資訊與通訊環境之規劃、建置及管理。
（八）其他有關計畫考核及資訊管理事項。
三、國際事務科：
（一）動植物防疫檢疫相關國際合作、交流與國際事務等之統籌、協調及督導。
（二）參與國際動植物防疫檢疫組織之統籌、協調、督導及其相關資訊之蒐集、彙整。
（三）國外訪賓接待事項之協調及辦理。
（四）友邦動植物防疫檢疫技術人員來華受訓之協辦。
（五）動植物防疫檢疫技術人員援外事項之統籌、協調及督導。
（六）其他有關動植物防疫檢疫國際合作統籌事項。