植物防疫組分設三科，各科掌理下列事項：
一、植物防疫科：
（一）植物疫病蟲害防疫政策、法規、方案、計畫之擬訂、策劃、執行及督導。
（二）植物防疫科技之研究、發展、引進及技術服務。
（三）植物防疫技術、程序、方法之研議、執行及督導。
（四）植物防疫資訊系統之擬訂、策劃、執行及督導。
（五）植物疫病蟲害疫情管制業務之策劃、分析、聯繫及督導。
（六）植物防疫人員管理政策、法規、方案、計畫之擬訂、策劃、執行及督導。
（七）植物防疫人員之訓練及督導。
（八）植物防疫相關國際合作、交流及國際事務之處理。
（九）其他有關植物防疫事項。
二、病蟲害管理科：
（一）繁殖用之植物特定疫病蟲害檢查技術、程序、方法之研議、執行及督導。
（二）作物病蟲害管理科技研究、發展、引進及技術服務。
（三）作物病蟲害管理技術示範、移轉、推廣、應用之策劃、執行及督導。
（四）生物防治、非農藥防治、整合性病蟲害防治技術之研究、發展及示範推廣。
（五）植物與其產品田間防疫計畫之擬訂、策劃、執行及督導。
（六）重要病蟲害損失評估之策劃、協調及督導。
（七）有益與有用昆蟲之保護、利用技術研究、發展及推廣。
（八）其他有關病蟲害管理事項。
三、緊急防疫科：
（一）突發性與特定疫病蟲害緊急防治措施之擬訂、策劃、執行及督導。
（二）國內特定植物疫病蟲害疫區劃定及解除之擬訂及督導。
（三）疫區物品遷移許可證明之核發、查核及督導。
（四）重大有害生物防除之策劃、執行及督導。
（五）國內重大疫病蟲害疫情之監測、分析、研判及通報。
（六）國外特定疫病蟲害資訊之蒐集、分析及通報。
（七）特定疫病蟲害緊急防疫科技之研究、發展、引進及推動。
（八）其他緊急防疫事項。