秘書室分設五科，各科掌理下列事項：
一、行政科：
（一）上級機關指示及交辦事項之列管追蹤。
（二）主管會報等重要議案之彙整、協調、辦理及列管追蹤。
（三）施政計畫之管考。
（四）每週、每月重要措施辦理情形之彙陳。
（五）公文稽催及管制。
（六）其他有關研考事項。
（七）出國人員報告之稽催、評核及函送。
（八）出版品之登記管理。
（九）有關農業圖書相關事項。
（十）其他不屬各組室事項。
二、文書科：
（一）公文之收發繕校及檔案之管理。
（二）公文檔案影像及資料儲存事項。
（三）公文電子傳送及交換事項。
（四）印信典守及公文監印。
（五）文書及檔案管理系統維護事項。
三、事務科：
（一）營繕工程、物品器材、圖書文具與報表之採購、印製、分發及保管。
（二）辦公廳舍及財產之管理。
（三）技工、駕駛及工友之管理。
（四）車輛、油脂、車庫之管調配及電話、水電之保養維護。
（五）員工薪津及各項所得之發放。
（六）公款結匯及代扣款項彙辦。
（七）各項所得資料彙整、申報稅款繳交、扣繳憑單填發事項。
（八）款項、票據與有價證券之收支、登記及保管。
四、 公共關係科：
（一）國會等機關之聯絡及協調事項。
（二）國會、議事資訊與建言之蒐集分析及彙辦。
（三）國會關係文書之擬復及查核。
（四）農業法案及預算案立法程序之協調工作。
（五）立法院總質詢及施政報告等資料之彙編及協調。
（六）其他有關國會聯絡事項。
（七）新聞發布及聯絡。
（八）媒體與記者之聯繫及協助採訪。
（九）農業新聞與輿情資料之蒐集及分析。
（十）人民陳情之接待及協調。
（十一）中外人士參觀訪問活動之安排及接待。
（十二）兩岸交流事項。
五、 法制科：
（一）農糧法規制（訂）定案、修正案之研議或審議。
（二）農糧相關法規之解釋、諮詢。
（三）農糧法規之整理、編印及宣導。
（四）有關農糧業務訴訟及訴願案件之協辦。
（五）其他有關法制事項。