作物生產組分設四科，各科掌理下列事項：
一、雜糧特作科：
（一）雜糧與特用作物產業發展方案、計畫之擬訂及督導。
（二）雜糧及特用作物試驗研究、示範與推廣之策劃及督導事項。
（三）輔導雜糧與特用作物產銷班企業化經營計畫之策劃、執行及督導。
（四）雜糧與特用作物產業資訊之蒐集及分析。
（五）雜糧與特用作物生產改進及產銷穩定措施之處理。
二、蔬菜花卉科：
（一）蔬菜與花卉產業發展方案、計畫之擬訂、執行及督導事項。
（二）蔬菜、花卉試驗研究、示範與推廣之策劃及督導事項。
（三）輔導蔬菜與花卉產銷班企業化經營計畫之策劃、執行及督導。
（四）蔬菜與花卉產業資訊之蒐集及分析。
（五）蔬菜、花卉生產改進、專業區與產銷穩定措施之策劃及督導事項。
（六）蔬菜及花卉自動化育苗場之設置輔導。
三、果樹產業科：
（一）果樹產業發展方案、計畫之擬訂、執行及督導事項。
（二）果樹試驗研究、示範與推廣之策劃及督導事項。
（三）輔導果樹產銷班企業化經營計畫之策劃、執行及督導。
（四）果樹產業資訊之蒐集及分析。
（五）果樹生產改進、專業區與產銷穩定措施之策劃及督導事項。
四、種苗管理科：
（一）植物種苗產業發展相關法規、方案、計畫之擬訂、執行及督導事項。
（二）植物種苗試驗研究、示範與推廣之策劃及督導事項。
（三）植物品種權申請案之審理、公告及發證事項。
（四）種子種苗檢查、種苗業輔導管理與種苗進出口同意文件核發之執行及督導事項。