運銷加工組分設三科，各科掌理下列事項：
一、市場管理科：
（一）農產品運銷與市場交易有關法規、政策之研擬、修正、督導及釋示。
（二）果菜、花卉等農產品批發市場設立規劃案之審議、輔導及監督。
（三）果菜、花卉等農產品批發市場興建與相關設施改善之策劃、輔導及監督。
（四）果菜、花卉等農產品批發市場經營管理與交易制度之策劃、輔導及監督。
（五）果菜、花卉批發市場交易資訊蒐集、貨源調配與穩定措施之策劃、輔導及監督。
（六）市場交易相關科技試驗研發與改進之策劃、輔導及監督。
（七）消費者保護及服務彙辦業務。
（八）其他有關果菜、花卉市場經營管理事項。
二、行銷輔導科：
（一）農作物產品標準化、規格化、條碼化作業與品牌建立之策劃、輔導及監督。
（二）農作物產品共同運銷之策劃、輔導及監督。
（三）農作物產品多元化運銷通路之策劃、輔導及監督。
（四）農作物產品物流、倉儲、配送作業制度與設施之策劃、輔導及監督。
（五）農作物產品國內宣傳、推廣與促銷之策劃、輔導及監督。
（六）農作物產品行銷訓練之策劃、輔導及監督。
（七）農作物產品行銷之研究策劃、輔導及監督。
（八）其他有關農作物產品行銷企劃、推廣及管理事項。
三、農產加工科：
（一）國產農作物產品加工事業之策劃、輔導及監督。
（二）加工型農作物產業發展方案、計畫之擬訂、執行及督導。
（三）農作物產品加工廠、加工設施與技術之策劃、輔導及監督。
（四）農村釀酒事業之策劃、輔導及監督。
（五）國產農作物加工產品品質驗證與品牌建立之策劃、輔導及監督。
（六）國產農作物產品加工品行銷通路拓展與宣傳、廣告、促銷等之策劃、輔導及監督。
（七）農作物產品加工技術研究發展之策劃、輔導及監督。
（八）其他有關農作物產品加工輔導及管理事項。