計室設科辦事，掌理下列事項：
一、本署單位概、預算及分配預算之編製。
二、農業發展基金項下糧政業務預、決算之編製及各項會計業務之處理。
三、追加減預算、特別預算之編審及動支預備金之申請。
四、本署單位預算各項業務經費之審核與預算控制及各項採購作業之監辦。
五、本署付款憑單、收支及分錄轉帳傳票之編製。
六、本署各項補助、委辦計畫經費之審核、撥款及保留。
七、本署各項補助、委辦計畫執行機關帳務之查核及輔導。
八、本署計畫經費處理相關規定之擬訂及輔導。
九、本署歲出應付款保留之審核、申請及分配預算之編製。
十、本署會計報告、執行狀況月報表、半年結算及年度決算之編製。
十一、各類帳簿及原始憑證之整理、保管。
十二、審計機關抽查各項計畫抽查報告之處理。
十三、本署及所屬機關會計人員任免、遷調、考核、獎懲等案件之擬辦。
十四、其他有關會計、歲計及臨時交辦業務之處理。